Support physique de la biodiversité, le sol est également le lieu de stockage et de recyclage d’éléments nutritifs majeurs, nécessaires au fonctionnement des écosystèmes. Dans le cadre de l’observatoire ORCHAMP, on distingue deux grand types de suivis du sol :
1 - La partie superficielle du sol ; la plus riche en biodiversité à l’interface entre la biosphère et lithosphère est échantillonnée de façon régulière en même temps que les autres compartiments. Les protocoles mises en œuvre régulièrement permettent de suivre l’évolution de la biodiversité (techniques d’ADN environnemental) mais également des stocks (de Matière Organique, de carbone et d’azote…) et de la fonctionnalité des sols (recyclage de la matière organique par quantification des activités enzymatiques).
2 - Pour chaque placette permanente, un profil pédologique de la surface du sol jusqu’à la roche mère est également réalisé. Du fait de la lenteur des processus mis en œuvre, cette description n’est pas répétée dans le temps. Les données récoltées lors de cette campagne permettent de préciser les mesures de stockages réalisées en surface (C ; N mais également stockage en eau) et précisent les des criptions des sols.
L’ensemble des analyses de la partie superficielle des sols sont réalisées à deux profondeurs ; entre 0 et 7 cm puis entre 7 et 10 cm. Réalisés en septembre, les prélèvements permettent d’exécuter l’ensemble des mesures nécessaire à la description de la biodiversité mais également aux stocks et aux flux de matière en cours dans chaque sol.
En plus des stocks, certains flux de matière sont également estimés dans les sols via la quantification des processus de recyclage de la matière organique par les microorganismes du sol (champignons et bactéries). Pour ce faire, des activités potentielles d’enzymes extracellulaires sont réalisées sur les échantillons.
Les activités enzymatiques extracellulaires (AEE) sont quantifiées pour sept enzymes, excrétées par ces micro-organismes, intervenant dans la dégradation de molécules complexes des cycles du carbone de l’azote et du phosphore.
De manière générale, la quantification de l’activité des enzymes est réalisée par incubation de ces dernières en présence de substrats synthétiques dont la dégradation libère une molécule fluorescente quantifiable par spectrophotométrie.