ADN environnemental contenu dans le sol


A partir des échantillons biologiques prélevés sur le terrain, les fragments d'ADN extracellulaire sont séparés des colloïdes sol sols et extraits. La caractérisation de ces ADN est difficile sous cette forme, c’est pour cela que les fragments sont ensuites amplifiés (recopiées de nombreuses fois) ce qui facilite leur caractérisation par séquençage.

Les données obtenues sont ensuites affinées par des analyses bioinformatiques standardisées afin de permettre une interprétation écologique des données produites.

Deux grands types de procédures sont possibles à ce stade :

1 - Si le génome des espèces cibles est connu, il est alors possible d’assigner une espèce à sa séquence d’ADN.

2 - Plus fréquemment, la méconnaissance des génomes des espèces d'intérêt, oblige les chercheurs à travailler avec des séquences non assignées. Ils utilisent alors de unités taxonomiques moléculaires opérationnelles (MOTUS) qui correspondent à des séquences proches appartenant très probablement à une même espèce.


Le LECA a beaucoup travaillé au développement de ces approches d’ADN environnemental (Taberlet et al. 2018), de développement de pipelines moléculaires et bio-informatiques (Boyer et al. 2016) pour rendre les protocoles standardisés et réutilisables.